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在医学领域，扫描电镜测试可用于观察组织和器官的微观结构和形貌，了解疾病的发病机制和病理变化过程。例如，在癌症研究中，扫描电镜测试可以用于观察肿瘤细胞的形态和结构，评估肿瘤的恶性程度和预后。
扫描电镜在生物医学领域有广泛的应用，主要应用于细胞或组织样本表面超微结构的观察分析，例如细胞表面结构，气管，肠道，皮肤、纳米药物、生物医学材料、细菌、真菌等。
通过表面处理（例如沉积出不同组成，形态及厚度的膜层以及光刻蚀表面等等）可以有效地提高材料硬度和光学物理性能。通过扫描电镜可以对镀膜表面形貌，断口膜层形貌进行观察，并对膜厚进行测量；可以观察到光刻蚀之后试样表面形貌变化情况等等。
扫描电镜的焦深比透射电子显微镜大10倍，比光学显微镜大数百倍。由于图像景深大，因此扫描得出的电子像富有立体感，具有三维形态。相较于其他显微镜，能够提供更多的信息。
扫描电镜可粗略分为镜体和电源电路系统两部分。镜体部分由电子光学系统、信号收集和显示系统以及真空抽气系统组成。
扫描电镜的特点是：
①、观察试样为不同大小的固体（块状、薄膜、颗粒），并可在真空中直接进行观察。
②、试样应具有良好的导电性能，不导电的试样，其表面一般需要蒸涂一层金属导电膜。
③、试样表面一般起伏（凹凸）较大。
④、观察方式不同，制样方法有明显区别。
⑤、试样制备与加速电压、电子束流、扫描速度（方式）等观察条件的选择有密切关系。
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