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通过有益微生物和蚯蚓的生命活动，产生了生长素、细胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促进植物生长，调控植物代谢；还会产生大量多糖。其中的有益微生物还能产生拮抗活性强、抗菌谱广的抗生素，限制病原菌的生长，使植物土传病害得到抑制。
相对于发酵鸡粪和发酵羊粪来说，蚯蚓粪算是比例另类奇葩的肥料了，但是蚯蚓粪却有着“有机肥的称号”，是不是觉得很神奇呢？自然界里各种有机废弃物经过发酵后，在蚯蚓消化系统蛋白酶、脂肪酶纤维酶和淀粉酶的作用下，分解转化而成的，有利于自身或易于其他生物利用的营养物质，经排泄后成为蚯蚓粪。
蚯蚓粪中还富含各种微生物，微生物不仅可以使复杂的物质矿化为易于植物吸收的有效营养成分，还能合成一系列有生物活性的物质，如糖、氨基酸、维生素等，这是蚯蚓粪所特有的性质。正是因为蚯蚓粪含有大量的营养物质，和微生物菌群，对植物生长有着神奇的效果，才被誉为“有机肥”。
