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海参体内含有18种氨基酸，其中甘氨酸、精氨酸和谷氨酸含量远远其它氨基酸。另外，刺参的必需氨基酸含量明显其它海参。氨基酸是合成蛋白质的物质基础，具有的营养和价值。
海参皂苷为海参所特有的一类三萜皂苷，是海参的主要次生代谢产物，也是其进行防御的化学物质基础。现代药理活性研究表明海参皂苷具有、抗肿瘤、抗菌、等多种生物活性。
不同的涨发方式会造成海参干品中营养物质的流失。常温水发造成铜、铁、锌、钙、镁、磷的损失率在73.25%-73.81%之间，高温水发的损失率为92.17%-92.95%，常温碱发时的损失率为76.79%（除镁离子以外），其它化学元素损失率均在93.38%-95.24%。另外，三种涨发方式均会造成海参干品中赖氨酸、组氨酸和精氨酸的流失，常温水发赖氨酸损失率为61.63%，高温水发为72.61%，常温碱发为79.46%，组氨酸的损失率依次为15.24%、52.86%、35.71%，精氨酸依次为26.11%、54.68%、70.14%。
作为一种常见的经济性养殖贝类，牡蛎的药用和食用价值早已被人们所认识，其味美肉细，易于消化。干肉中含有蛋白质45%~52%，脂肪7%~11%，总糖19%~38%，此外，还含有丰富的维生素A，B1，B2，D和G等，含碘量比牛乳或蛋黄高200倍。浓缩后称“蚝油”；肉可鲜吃或制成干品，即传统的名产品“蚝豉”。
密鳞牡蛎具有富含牛磺酸(50µmol/g)、锌、硒的特点；低脂肪、低胆固醇，含有一定量的高度不饱和脂肪酸(EPA+DHA占脂肪总量的20.4%)，无机盐、维生素含量也很丰富。吴成业等进行了太平洋牡蛎、僧帽牡蛎和近江牡蛎中游离氨基酸和牛磺酸的分析。三者中皆含有人体所有8种必需氨基酸,其中含量高的都是赖氨酸,这对平衡国民膳食中氨基酸比例具有重要意义。三种牡蛎中牛磺酸的含量分别高达7.542，4.388和3.591mg/g，几乎超过其他游离氨基酸含量的总和。同时，发现牡蛎中游离氨基酸的含量随着季节的不同而异。
牡蛎肉中含大量糖原，糖原是细胞进行新陈代谢的能源，补充糖原可改善机体心脏及血液循环功能，并能增进肝脏的功能且具有保肝作用。牡蛎中的糖原还可直接为机体吸收利用，从而能减轻胰腺负担。
