在体系运行期间，为审查组织的环境管理活动是否已按环境管理体系文件的规定进行，环境管理体系是否得到了正确的实施和保持，为确定体系的持续适用性、充分性、有效性，组织应组织内部审核和管理评审。
要做好初始环境评审。这项工作是对组织过去和现在的环境管理情况进行评价，总结经验，找出存在的主要环境问题并分析其风险，以确定控制方法和将来的改进方向。一般来说，要做初始环境评审，先应组建由从事环保、生产、技术、设备等各方面的人员组成工作组。工作组要完成法律法规的识别和评价，环境因素的识别和评价，现有环境管理制度和ISO14001标准差距的评价，并形成初始环境评审报告。
某些公司在生产过程中产生了大量的污染物，但由于环保设备，控制手段得力，各种污染物终均远低于适用排放标准得到排放。因此，EMS工作人员认为这方面不存在重要环境因素。
这里存在误区。
ISO14001标准“环境因素”定义及“4.3.1环境因素”条款中均要求确定现实具有或能够产生重大影响的重要环境因素，即应充分考虑三种时态及正常、异常、紧急三种运行状态下发生或可能发生重大环境影响的环境因素。针对上述案例，在制定及实施相关程序时可考虑将正常状态下低于排放标准的污染物排放作为一般环境因素，但同时考虑环保设备发生故障时、定期维修时、人为失误时、生产过程中超量产生污染物时等异常或紧急状态下可能产生的严重环境影响。简单的方式是对进入环保装置之前或生产装备排放口的污染物排放状态进行重要性评价。以上所述适用于对可用强度、浓度、总量、速率、数量等方式实施限制的环境因素的评价，如污水排放、废气排放、噪声等。
无论对于生产装置口还是环保装置口，应分别对具体污染因子进行评价。
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